Le groupement est géré et administré par le Conseil d’administration. Il est composé de quatorze personnes physiques désignées par l’assemblée générale en son sein parmi les représentants nommés par les membres pour y siéger.
Les administrateurs sont nommés par l’assemblée générale pour une durée de trois ans renouvelable.
Le Conseil d’administration se réunit 4 fois par an, il prend toutes les décisions relatives au fonctionnement du Cancéropôle qui ne relèvent pas de l’Assemblée Générale, et notamment les nominations de l’équipe de direction, la désignation des coordonnateurs d’axes de recherche et des membres du comité de pilotage scientifique. Il propose le budget, le programme d’activités et les orientations stratégiques à l’Assemblée Générale.